ExamDiff Pro支持自动识别ASCII、UTF-8和UTF-16包括大端和小端编码的文本文件。UTF-16文件通过字节顺序标记检测，小端为0xFFFE，大端为0xFEFF。如果文件没有BOM标记，ExamDiff Pro可能无法自动识别编码，此时可以在比较选项中手动指定文件编码。如果无法检测到上述四种编码，文件将被视为二进制文件处理。对于比较不同编码的两个文件，ExamDiff Pro会先按各自编码解析内容，然后再进行文本比较。Unicode支持是ExamDiff Pro的功能，免费版ExamDiff不支持Unicode。