ExamDiff Pro的官方已知问题页面列出了几个小问题：第一，如果使用同步自动换行，可能会在文件中添加多余的空格；第二，使用自动换行或取消换行时，光标位置可能会移动。这些问题被描述为小问题，官方表示正在努力修复。对于免费版ExamDiff，未列出特定的已知问题，但功能限制如不支持二进制比较和目录比较等是预期行为而非缺陷。