ExamDiff支持命令行调用，语法为：ExamDiff 路径1 路径2 选项。常用选项包括：忽略大小写、忽略行内所有空白、忽略空白数量变化、忽略行首空白、忽略行尾空白、忽略空白行、忽略匹配正则表达式的行、将两个文件视为文本文件、将两个文件视为二进制文件、仅显示差异、不显示初始的Compare Files对话框、简要报告文件是否有差异、设置制表符大小。对于ExamDiff Pro，还支持更丰富的参数，如始终显示比较对话框、指定输出文件路径、指定会话名、指定会话文件、三路合并等。选项可以加感叹号进行否定，例如在忽略大小写选项前加感叹号表示不忽略大小写。